ÔN TẬP
BÀI 1: TÌM KIẾM TRÌNH TỰ SINH HỌC
Trình tự sinh học:
DNA, RNA, protein






Tìm kiếm trình tự sinh học
2
Nguyên tắc tìm kiếm trình tự sau khi đã giải trình tự
1.Tìm bằng từ khóa: 2.Công cụ tìm kiếm
-Mã số truy cập
-Tên (gene hay Protein)
-GI
-Độ dài trình tự
-Trọng lượng phân tử
-Tên tác giả giải trình tự




3. Lọc trình tự

3
Tìm kiếm trình tự sinh học
Kết quả cần tìm
Tìm kiếm trình tự sinh học
4
Tìm kiếm trình tự sinh học qua NCBI
-Gene
Nucleotide
Protein
Tìm kiếm trình tự qua mã số truy cập
Tìm kiếm trình tự sinh học
5




1. Tìm qua mã số truy cập:
8 ký tự : 2 chữ và 6 số ví dụ như AY690640
6 ký tự : 1 chữ và 5 số ví dụ như U20068
2. Tìm tên gene
3. Tìm tên loài
4. Tìm số GI
Kết quả tìm trình tự DNA qua mã số truy cập
Giới thiệu môn học
6
Tìm kiếm trình tự sinh học
7

Tìm kiếm trình tự qua tên gene

Tìm kiếm trình tự sinh học
8
Cách lấy trình tự theo định dang FASTA
Giới thiệu môn học
9
Định dạng FASTA
>tên trình tự gattctcacttggtctgctgcaaggacgcggaccattaaaactgttcatggcccttgtggcgttctcgtttcctaacaatcccaccaacagcagggatactaaaaagatggggaacgatcaaaaaatcaaaagctatcaatgtcttgagagggttcaggaaagagattggaaggatgctgaacatcttgaacaggagacgcaggacagcaggcgtgattgttatgttgattccacagcgatggcgttccatttaaccacacgcaatgg



Tìm kiếm trình tự sinh học
10
Kết quả tìm kiếm bộ gene
Giới thiệu môn học
11
Tìm kiếm trình tự protein
Tìm kiếm trình tự sinh học
12
Tìm kiếm trình tự qua tên sinh vật
Giới thiệu môn học
13
Thiết kế mồi
Giới thiệu môn học
14
Trình tự DNA khuôn
Các qui tắc chọn primer
Thông số của phản ứng PCR
Thiết kế

Primer
Lấy các thông số từ phần mềm

2. Kiểm tra đặc hiệu của Primer bằng blast





Sử dụng phần mềm FastPCR
Giới thiệu môn học
15
Kết quả phản ứng của Tm của mồi xuôi
Giới thiệu môn học
16
Kết quả phân tích mồi ngược
Giới thiệu môn học
17
Kiểm tra độ đặc hiệu mồi bằng blast
Giới thiệu môn học
18
Nucleotide blast
Giới thiệu môn học
19
Tính tương đồng của của các primer
Giới thiệu môn học
20
Độ đặc hiệu của mồi
Giới thiệu môn học
21
CÔNG CỤ VÀ CÁCH THỰC HiỆN
Tìm ORF finder trong google
ORF FINDER (OPEN READING FRAME FINDER)
Nhập trình tự DNA vào khung ORF finder
Nhập trình tự
Khung đọc mở (ORF)
Forward DNA strand
Reverse DNA strand
F1
F2
F3
F6
F5
F4
*

*

*

*

Start signal
Stop signal
*

*

*

*
*


*
*

*


*

Total ORFs in F1: 3
Total ORFs in F2: 2
Total ORFs in F3: 1
Total ORFs in F4: 1
Total ORFs in F5: 3
Total ORFs in F6: 2

Total ORFs: 12
Trình tự DNA có thể được đọc trong 6 khung đọc ở các sinh vật có DNA mạch đôi; 3 khung đọc trên mỗi mạch..
Chiều dịch mã trong sáu khuôn đọc ORF
5’ AATGGCAATCCGCGTAGACTAGGCA 3’
3’ TTACCGTTAGGCGCATCTGTATCGT 5’
AATGGCAATCCGCGTAGACTAGGCA
AATGGCAATCCGCGTAGACTAGGCA
AATGGCAATCCGCGTAGACTAGGCA
TTACCGTTAGGCGCATCTGTATCGT
TTACCGTTAGGCGCATCTGTATCGT
TTACCGTTAGGCGCATCTGTATCGT
+1
-2
-3
-1
+2
+3